本实用新型公开了一种用以提取菌群的过滤装置，包括筒体，所述筒体内部由上至下依次设有第一过滤腔、第二过滤腔、与第三过滤腔，且所述筒体顶部设有顶盖，所述顶盖底部固定连接有搅拌电机，所述搅拌电机输出端固定连接有连接轴，所述第一过滤腔、第二过滤腔、与第三过滤腔底部分别设有第一过滤网、第二过滤网与第三过滤网，所述第一过滤网与第二过滤网中央均设有通槽，所述连接轴穿过通槽，且所述连接轴外周固定连接有多个连接块，所述连接块两侧均固定连接有旋转电机，所述旋转电机输出端均固定连接有支撑杆，该种用以提取菌群的过滤装置，结构简单，过滤效果好，方便操作，且能够自动进行过滤，节省人力物力。有效的提高工作效率。