本发明属于医疗器械技术领域，尤其涉及一种用于菌群分离的搅拌过滤装置及搅拌过滤方法，所述装置包括搅拌桶和位于搅拌桶下方的过滤桶，搅拌桶的底部设置有漏液口，漏液口下方设置有可开启的密封盖；过滤桶内设置有过滤装置和搅拌防堵装置。本发明所述的搅拌过滤装置采用上下两层结构，上层为搅拌桶并设置有搅拌桨，下层为过滤桶，内部圆周排布有逐级过滤网，与搅拌桨同轴心设置有搅拌毛刷。结构简单仅需轴向一套传动装置即可完成搅拌桨的旋转以及搅拌过滤刷的旋转；过滤网完全置于过滤桶内，圆周径向逐级过滤，增大了过滤面积，过滤效率高，避免漏液风险。