本实用新型公开了一种基于微流控的细胞分选系统，该系统包括：微流控模块、拉曼模块、分选控制模块、光镊模块，光镊模块捕获微流控模块进样通道的细胞，拉曼模块采集细胞的光谱信号得到拉曼信号，与预设拉曼信号进行对比，根据对比结果生成第一信号或第二信号并输出至分选控制模块；光镊模块根据分选控制模块接收的第一信号或第二信号释放被捕获的细胞，分选控制模块根据第一信号将释放的细胞输入第一输出通道或分选控制模块根据所述第二信号将释放的细胞输入第二输出通道。通过实施本实用新型，采用光镊模块仅负责细胞的捕获和释放，同时设置分选控制模块实现细胞的移动，降低了现有的细胞分选装置的复杂度，提高了系统的稳定性和分选速度。