本发明涉及细胞分选技术领域，具体为一种医疗器械用微流控细胞分选装置及其方法，包括括箱体、支撑机构、装夹机构，所述箱体的一端设置有控制面板，所述箱体的一端通过转轴连接有防护门，所述箱体一端的内壁设置有紫外灯，所述箱体的内部固定连接有分选板，所述箱体的一端开设有控制仓，所述控制仓的内部设置有微流控发射器，所述微流控发射器的输出端连接有第一连接管。本装置使用安全性较高，可避免细胞受到污染和死亡，分选时通过缓冲槽可对载液进行缓冲，避免细胞受到损伤，减少用户的工作量，本装置简化操作，降低用户使用难度，同时可避免将分选出的细胞受外界污染，可视化操作，使得用户在使用本装置时，可随时进行监控。