本实用新型涉及一种微生物培养皿，包括外壳和底盘，所述外壳开设有容置槽，所述容置槽的底部开设有通孔，所述底盘活动设置于所述容置槽内，所述底盘的其中一面设置有隔板，所述底盘背离所述隔板的一面与所述容置槽的底部抵接，且所述底盘覆盖所述通孔设置。当需要对培养基进行清洁时，则可以在通孔外部向底盘背离隔板的一面施力，以从容置槽内顶出底盘，此时，营养物质和微生物均能够被底盘带离外壳，这样，清洁隔板和底盘时不存在外壳的阻碍，使得清洁过程简便快捷。