本实用新型涉及禽畜粪尿处理技术领域，具体涉一种利用微生物处理禽畜粪尿发酵分离装置，包括主箱体，所述主箱体的正面安装有控制面板，所述主箱体的一侧壁安装有进料箱，且进料箱的底部与主箱体相连通，所述主箱体的顶部设置有发酵机构，所述发酵机构包括有发酵箱体，所述发酵箱体的底部与主箱体相连通，所述主箱体的底部设置有粪液箱体。本实用新型通过电机输出端的发酵箱体带动活动板进行旋转作用，使得发酵箱体内微生物原料，能够自动间歇式的均匀通过下料孔进行添加，将微生物原料均匀的分布在禽畜粪尿中，可有效避免所有微生物原料直接倒入发酵箱体发生堆积沉淀的情况。