本实用新型公开了一种利用微生物处理禽畜粪尿发酵分离装置，包括发酵箱所述发酵箱的上表面开设有两个进料口，所述发酵箱的内顶壁固定镶嵌有第一密封轴承，所述发酵箱的内顶壁固定连接有搅拌池，所述搅拌池的外表面固定镶嵌有一组相对称的加温棒所述搅拌池的底面固定镶嵌有第二密封轴承。该利用微生物处理禽畜粪尿发酵分离装置，通过电机工作带动连接杆旋转，带动搅拌杆和搅拌球转动实现搅拌杆对禽畜粪便的搅拌，使微生物与禽畜粪便更加均匀的混合在一起，便于禽畜粪便的发酵，通过设置有第一过滤板可以对发酵后的废液进行过滤，通过漏液孔可以更加方便的将过滤后的废液流入第二过滤板，对废液进行二次过滤，实现禽畜粪便的干湿分离。