本实用新型公开了一种肝素钠粗液沉淀分离装置，包括沉淀罐、上盖、进料机构和出料机构，所述沉淀罐上安装有上盖，所述进料机构安装在上盖上，所述沉淀罐的底部设置有出料机构，所述上盖的顶部固定有动力机构，所述沉淀罐的内部设置有转动轴，所述转动轴和动力机构同轴连接在一起，所述转动轴上固定有搅拌爪，所述沉淀罐侧壁固定有排水机构，所述沉淀罐的内部固定有筛板；本实用新型让软管一直抽取最上方的废水，不会抽取底层沉淀的肝素钠，从而将肝素钠沉淀分层后的上层水有效地排出，并且能够在分离水的过程中减小对于肝素钠沉淀的影响，保持沉淀层稳定，还能够提高搅拌的效率，让搅拌更加的均匀的，而且滤板拆卸方便，更换简单。