本实用新型公开了一种养殖畜污生物发酵制肥系统，包括固液分离装置、一次发酵仓、杂质筛选装置、生化仓体、干燥装置和原料添加装置，所述生化仓体上端外侧固定连接有干燥装置，所述生化仓体顶端一侧固定连接有原料添加装置，所述生化仓体内部设置有搅拌装置；设置固液分离装置，将畜污进行固液分离，将畜污在一次发酵仓中进行第一步发酵，降低纤维类垃圾对杂质筛选装置的影响，以便于对杂质进行筛选，通过设置搅拌装置，可以对生化仓体内部的畜污进行搅拌，在搅拌装置的搅拌下畜污和氧气接触更加充分，降低制肥周期，通过设置原料添加装置，在搅拌装置不断搅拌的情况下向生化仓体内部均匀喷洒菌种，使菌种混合更加均匀。