本实用新型公开了生物样本检测领域的一种微生物样本处理系统，以实现将现有方案的振荡系统和传送系统进行改进，以节省占地面积的效果，为了达到上述目的本技术方案包括基座、划线组件、中央处理组件、检测组件、培养基处理组件和培养基保存组件，还包括传送组件，所述传送组件位于检测组件和划线组件之间的传送辊道，所述传送辊道包括水平设置的支撑板，所述支撑板与基座之间连接有竖向的传送辊，所述传送辊道相互对置，且传送辊道之间的间隙与微生物样本之间间隙配合，本技术利用传送辊道替代现有技术中的传输系统和振荡系统，在传送过程中利用传送辊道对微生物样本进行振荡，节省装置的占地面积。