本实用新型涉及药物制备技术领域，公开了一种药物纳米结晶制备系统，包括顺次连通的用于制备药物纳米混悬液的反应釜、第一导管、用于生成药物纳米结晶混悬液的研磨装置、第二导管、用于吹干药物纳米结晶的干燥装置；反应釜设置有反应腔，反应腔上设置有第一搅拌装置，研磨装置设置有研磨腔，研磨腔内设置有用于促进形成药物纳米结晶的第二搅拌装置和若干个研磨介质；干燥装置设置有干燥腔。本实用新型通过在反应釜中制备药物纳米混悬液，经研磨装置研磨得到药物纳米结晶混悬液，进入干燥装置中得到干燥的药物纳米结晶成品；制得的药物纳米结晶生物利用程度较大，不会造成药物残留，安全性更好。