本实用新型提供了一种微生物菌种选育降解装置，属于菌种培养技术领域。该微生物菌种选育降解装置包括降解箱、驱动机构和供给装置。所述降解箱包括箱体、支撑柱和固定板，所述支撑柱设置有四根，所述驱动机构包括伺服电机、转杆、搅拌管和中空管，所述伺服电机固定在所述箱体的顶面，所述转杆的端部转动贯穿所述箱体的底部延伸至外部，所述中空管的内部开设有通孔，所述供给装置包括泵体、风机和三通阀，所述三通阀通过旋转接头固定在所述转杆的底部，所述泵体和所述风机分别与所述三通阀的接口连通。本实用新型在降解时可以方便进行翻动，同时给菌种提供一个适宜的降解环境，从而提高了降解的效率和降解质量。