本实用新型公开了一种水中微生物采集器，包括采集针筒、推杆和限位组件，所述推杆活动安装在采集针筒内，且内端端部固定有橡胶活塞块，所述限位组件可拆卸式套设安装在采集针筒表面，所述限位组件包括弧形板、限位板和连接螺栓，两个所述弧形板相对套设安装在采集针筒表面，且自由端相背面垂直固定有固定凸块，所述连接螺栓螺纹旋合将两个固定凸块连接固定，可供手指放置的所述限位板相背固定在弧形板相背面，所述限位板竖直截面为“L”型；本实用新型通过设置有限位组件，可在整个采集针筒使用时增加对其的握紧力和防滑程度，方便使用者手指放进限位板中，降低出现手指与采集针筒发生相对滑动的几率，从而相对提高水中微生物采样的效率。