本实用新型涉及畜禽废水处理技术领域，具体是一种处理畜禽废水多格室厌氧‑好氧反应器，包括反应器，所述反应器的内部设有隔离板和溢流管，且隔离板和溢流管将反应器分为三部分，所述隔离板和反应器之间的顶部设有气液分离室，且隔离板和反应器之间的底端设有布水器，所述布水器的输入端连接有进水管。本实用新型设置的膜反应室内通过膜组件对厌氧反应后的出水进一步净化，并对水中的污泥进行有效的截留，气液分离室顶部通过气体通气管与膜组件的吹扫端连接，有压沼气对膜组件进行吹扫，代替了吹扫风机吹扫，降低了膜组件的运行成本，设置了好氧反应室后，会对畜禽废水中的有机物进行有效的去除。