一种新型医药纯水处理系统，包括底座，底座上端设置有处理箱，处理箱内腔左右壁分别设置有过滤板和活性炭滤板，处理箱内部设置有两个刮料组件，两侧刮料组件之间连接有联动组件，支柱上端设置有消毒箱，消毒箱内部设置有消毒组件；通过过滤板能有效阻挡过滤医药纯水中的颗粒杂质，通过活性炭滤板吸附医药纯水中残留小颗粒物和活性物质以及除臭，极大改善净化了医药纯水的水质，通过臭氧和纯水进行反应，对水体杀菌消毒，通过紫外线灯管可对螺旋透明管中的医药纯水进行进一步消毒杀菌，通过联动组件和刮料组件的配合，带动刮板将过滤板和活性炭滤板上的颗粒杂质向左刮出到集料箱中，清理简单方便，避免了滤板残留过多杂质导致会堵塞滤板。