本实用新型提供了一种傅里叶变换红外吸收光谱药物鉴别分析系统，该系统，包括样品准备腔室、检测腔室、光路本体、检测器、数据处理系统、薄膜层、支撑层，薄膜层内设有锥形孔洞，在锥形孔洞底部，支撑层内设有贯穿的孔洞。应用时，样品准备腔室准备待测药物样本，然后，样本被转移到锥形孔洞内，一体化地实现了样品准备、样品检测、药物分析等功能，从而实现了药物的快速、便捷检测。此外，锥形孔洞具有宽频吸收的效果，能将一定波长宽度的光聚集到锥形孔洞内，在锥形孔洞内形成强电场。因此，本实用新型能够实现增强不同待测药物分子光谱的效果。在测量不同药物的分子光谱时，不用更换薄膜结构，使用方便。