本实用新型涉及药物分析领域，具体提供了一种微腔型傅里叶变换红外吸收光谱药物分析系统，该系统包括样品准备腔室、检测腔室、光路本体、检测器、数据处理系统、薄膜层、微纳结构。应用时，样品准备腔室准备待测药物样本，在检测腔室增强药物样本的红外吸收，检测腔室形成微腔，增强药物样本的红外吸收，一体化地实现了样品准备、样品检测、药物分析等功能，从而实现了药物的快速、便捷检测，在药物鉴别分析领域具有良好的应用前景。此外，本实用新型中，薄膜层设置在检测腔室内，应用时一般不用更换薄膜层，而仅仅更换检测腔室顶部的周期性微纳结构即可，使用方便。