本实用新型提供了一种有益菌菌床结构，采用的方案是：包括床体，所述床体中设置有进水口和出水口，在进水口与出水口之间设置有用于有益菌繁殖的多层滤材，并且在靠近进水口的位置设置有高溶解氧制造装置。通过在进水口与出水口之间设置多层滤材，有益菌随水体经过每层滤材，在多层滤材的繁殖与成长后，到达最后一层滤材时已完全具备投放的要求，然后随水体一同经出水口进入到河流中，实现有益菌自动大量繁殖，无需刻意管理，即可实现有益菌自动投放到河流中以保持河流生态平衡。