本实用新型提供了一种可自清洁式有益菌菌床，采用的方案是：包括床体，所述床体上设置有进水口和出水口，在进水口与出水口之间设置有用于有益菌繁殖的细菌屋，所述床体底部设置有清洁转台，所述清洁转台由动力组件驱动可进行转动，所述清洁转台上固定有摆动臂，所述摆动臂上安装有若干个壁刷组件，所述壁刷组件上设置有吸污口，所述吸污口与清洁转台连通，所述清洁转台与排污口连通，所述排污口中连接有抽吸装置，所述摆动臂位于细菌屋的下方且延伸超过细菌屋。由于菌床空间较大，有益菌的存在使得水生植物生长迅速，利用底部刮擦的方式实现对水生植物的刮除然后通过排污口排出。