本实用新型涉及医用灭菌设备领域，公开了一种车载式微波医疗器械灭菌设备，包括箱体，所述箱体顶部开设有凹槽，所述箱体顶部在凹槽内连接有转轴，所述箱体通过转轴连接有箱把手，所述箱体在开口端连接有箱门，所述箱体开口端的下部连接有控制面板，所述箱体内部的中部连接有垫板，所述箱体内部的底部的中部连接有一组隔板，所述箱体内部在两个隔板之间连接有磁控管，所述箱体内部在磁控管一侧连接有电机。本实用新型通过箱把手可以实现箱体整体的移动运输，在救援车辆上能够为医疗器械提供便捷高效地灭菌功能，两种灭菌方式配合可以达到更好灭菌效果，能够满足救援车辆车载的需要，为医护人员提供临时性的便携灭菌设备。