本实用新型公开了一种医疗垃圾微波灭菌设备，包括第一缸体，第一缸体内壁顶部固定安装有安装座，安装座底部电性安装有微波电子管，第一缸体顶部关于竖直中心线对称铰接安装有两组同尺寸的盖板，每组盖板顶部一体化成型有提柄，第一缸体右侧外壁固定安装有上锁扣，第一缸体右侧铰接安装有侧板，侧板顶部一体化成型有下锁扣，下锁扣螺纹安装有螺纹柄，螺纹柄与下锁扣螺纹连接。本实用新型通过打开盖板可往第一缸体投放医疗垃圾，医疗垃圾内的液体会通过过滤网流入至第二缸体内，可实现固液分离的目的，通过开启微波电子管发射微波，可对固体医疗垃圾进行杀菌工作，通过设置侧板方便取出杀菌后的医疗垃圾。