本实用新型公开了一种多功能分子生物学电泳辅助装置，包括基座，所述基座的上端面上设有工作池，所述工作池的四个内壁上均固定连接有连接柱，四个所述连接柱之间共同固定连接有工作箱，其中一个所述连接柱的上端面上固定连接有温控器，所述温控器上设有传导杆，所述传导杆远离温控器的一端贯穿连接柱设置，所述工作箱远离温控器的一外侧壁上固定连接有电泳设备，所述工作箱的两个相对内壁上分别固定连接有两个电极板。本实用新型可以均匀的完成对电泳溶液的温度控制工作，还可以有效的避免外界灰尘杂物干涉到电泳的正常进行，极大的保障了用户电泳工作的顺利进行。