本实用新型提供了一种采样隔离系统，涉及采样隔离舱技术领域。采样隔离系统包括：舱体和过滤组件，舱体设置有袖套口、采样操作台、第一透明视窗及能够开合的出入口，第一透明视窗方便观察被采样者的体征情况，采样操作台置于第一透明视窗外部，用于放置采样医疗用品，袖套口外接医用操作手套，方便医务人员在不接触被采样者的情况下，进行医学操作；过滤组件置于舱体内，包括消杀装置，用于产生臭氧，杀灭舱体内的细菌、病毒等有害物质，细菌、病毒和臭氧结合后，会改变分子结构或能量转移，导致细菌病毒死亡，能有效去除各种有毒物质，达到舱内消毒杀菌的目的；当空气过滤器退出使用时，可以先经过处置再按规定进行处理，避免产生二次污染扩散。