本实用新型公开了一种核酸检测系统的提取层与扩增层连接结构，包括提取层、密封转动连接在提取层下方的废液层、与废液层密封固定连接的扩增层和推入液体的活塞组件，提取层和废液层、提取层和扩增层上设有多个液流通道和与液流通道配合使用的气流通道，通过转动提取层选择性地将提取层与扩增层的液流通道和气流通道连通。本实用新型包括提取层、密封转动连接在提取层下方的废液层、与废液层密封固定连接的扩增层和推入液体的活塞组件，通过转动提取层选择性地将提取层与对应扩增管的液流通道和气流通道连通，推动中部的活塞组件使提取层内液体流入对应的扩增管，本实用新型的部件结构少，布置紧凑，体积小，操作便捷，制作方便，降低制作成本。