本实用新型公开了一种核酸检测系统的检测驱动机构，包括设置在支架上可放入检测盒的检测仓、设置在支架上检测样本的光电检测器、在检测盒外周等距分布的电磁吸盘、套设在检测盒下部的扩增管外使扩增管保持移动温度的孵育块和控制器，驱动机构包括设置在支架上使检测盒水平直线往复移动的水平移动组件、设置在支架上使检测仓整体上下直线往复移动的垂直移动组件、使检测盒的活塞组件上下直线往复运动的活塞运动组件、使检测盒的提取层或提取层和预装层一同按定位定向旋转的旋转组件和转动光电检测器的光电转动组件。本实用新型无需人工操作，一次完成对多个扩增管的光电检测，提高了检测效率。