一种均温散热器结构，包含一腔体、一散热鳍片与一均温板，其中该腔体具有一腔室、一入口管道与一出口管道，该腔室具有一开口且该腔室内设置一分隔板与一分隔壁，该分隔板将该腔室分隔为一上区域与一下区域并具有连通该上、下区域的一中央穿孔与一周边缺口，又该上区域被该分隔壁分隔而具有连通该入口管道及该中央穿孔的一入水流道与连通该出口管道及该周边缺口的一出水流道，该散热鳍片设置于该均温板上，该均温板嵌入该腔室并封闭该开口而让该散热鳍片位于该下区域；据此冷却流体经该入水流道、该中央穿孔而进入该下区域，再经由该周边缺口回到该上区域，最后经该出水流道排出，据此确保冷却流体充分接触该均温板与该散热鳍片而增加散热效果。