本实用新型涉及菌种储存的技术领域，特别是涉及一种微生物液体菌种储存装置，其打开排水泵，通过吸水管将储水仓内部的清洗液由排水管和旋转连接管配合排入至转动管的内部，通过多组喷头将清洗液喷出，打开电机，使转动管带动多组刮板转动，将粘附与储存仓内侧壁的菌种刮掉，并且通过多组喷头喷出的清洗液对储存仓的内部进行清洗，打开排污阀，将储存仓内部的污水排入至过滤箱的内部，通过多组过滤板对过滤箱内部的污水进行过滤，由过滤箱的排污口排出，从而提高设备的清理效果；包括支撑座、储存仓、储水仓、转动管、电机、进水阀、排水泵、吸水管、排水管、旋转连接管、固定架、多组喷头、多组刮板、排污阀、过滤箱和多组过滤板。