本实用新型公开了一种自动无菌排液系统，包括废液储存桶，其上设置有废液进管、第一空气滤器和第一液位检测部；第一排液管路，其上设置有第一电磁阀、齿轮泵、第一单向阀和四通接头；第二排液管路，其上设置有第二电磁阀和第二单向阀；泵气管路，其上设置有气泵、第二空气滤器和第三电磁阀；消毒管路，其上设置有第三单向阀、定量泵、第四电磁阀和消毒液盛装瓶，消毒液盛装瓶的顶部密封穿设有第三空气滤器，在其侧壁上设置有第二液位检测部。本实用新型优点在于能够轻松实现自动排液，避免频繁更换废液储存桶，避免频繁的进行接管操作，大大减轻操作人员的劳动强度，节省人力成本，确保整个自动无菌排液系统的无菌，减少污染的可能性。