本实用新型涉及茯苓加工技术领域，尤其涉及一种冻干茯苓自动包装设备，解决了现有技术中不便于将茯苓分开，而且无法清除掉茯苓中的小颗粒影响装袋的问题。一种冻干茯苓自动包装设备，包括机体，机体的顶部固定连接有进料管道，进料管道的顶部连通有清理箱，清理箱的顶部一侧开设有进料口，清理箱的一侧通过螺栓固定连接有驱动电机，进料管道的内腔设置有分隔杆，分隔杆的两端均通过轴承套贯穿进料管道的两侧，且分隔杆两个延伸段中其中一个延伸端与驱动电机输出轴之间通过第二皮带缠绕连接，分隔杆外壁固定连接有若干个蛇形杆。本实用新型便于将茯苓分开，便于清除掉茯苓中的小颗粒，防止影响装袋。