本实用新型公开了一种用于地下水采样系统的控制器，包括：壳体，其内设置总处理器，以及与总处理器连接的子处理器和显示屏；水质监测单元，其设置在壳体内，水质监测单元包括流通池、连接管路以及测量单元；连接管路包括分别连接到流通池进水端和出水端的第一主管路和第二主管路，第一主管路上设置有止回阀和流量计；第二主管路上设置取样管路和废水管路，取样管路和废水管路上均设置电磁阀；流量计和电磁阀均连接子处理器；泵水单元，其包括连接到总处理器的充气泵。本实用新型，整个装置集水样采集以及检测为一体，结构简单，操作方便，提高了水质监测的效率。