本实用新型公开了一种多通道快速毛细管电泳分析装置，包括有机身，在机身上安装有电控机构、抽屉、自动进样系统、毛细管、样品检测系统和胶槽，在抽屉中装有装液板；抽屉不超过三个，其中至少有一抽屉内的装液板为样品装液板，还有一抽屉内的装液板为综合装液板；在机身内还设有移动机构，移动机构对接于抽屉与毛细管的进样口之间。本实用新型通过将反向冲洗毛细管及灌胶、添加标样或浸洗毛细管进样口及电极针头、电泳运行三个步骤所需的三个板整合到同一个板上，每一个步骤转换时不需要更换板，在同一个板上即可完成。样品板可单独使用一个板，采用在X轴方向平移代替更换板，用2或3个板就能实现4个步骤的操作，可大大提高进样操作速度。