本实用新型公开了一种全自动加样系统及其机械臂位置校准装置，其中机械臂位置校准装置包括控制器、校准组件和安装在机械臂上并跟随机械臂移动的校准工具；校准组件包括支撑座以及设置在支撑座上用于对校准工具沿水平方向校准的对射型水平方向位置检测器；控制器用于获取校准工具对水平方向位置检测器发出的线型光电信号的阻挡状态信号来计算水平方向校准坐标。本实用新型所提供的机械臂位置校准装置，利用水平方向位置检测器来获取机械臂坐标信息，并将位置信息反馈给控制器，由控制器控制机械臂运动使其自动完成校准，从而降低对人员操作熟练度的依赖，排除人为校准误差，缩短校准时间，提高校准精度，避免仪器损伤。