本发明公开了一种使用包括第一区段和第二区段的离子迁移率分离装置将离子根据其离子迁移率进行分离的方法，其包含：使用由第一组时变电压或电压波形提供的第一驱动力逆着第一反向电场推动离子通过所述第一区段；逐渐减小所述第一反向电场的量值和/或逐渐增大所述第一驱动力的量值；以及使用由第二组时变电压或电压波形提供的第二驱动力逆着第二反向电场驱动离子通过所述第二区段；其中与减小所述第一反向电场的所述量值和/或增大所述第一驱动力的所述量值协同地逐渐减小所述第二反向电场的量值和/或逐渐增大所述第二驱动力的量值。