本发明涉及一种基于时变摩擦补偿的双电机同步控制方法、设备及存储介质，方法包括：建立双驱进给系统的动力学方程，并进行拉普拉斯变换，以得到双驱进给系统的机械传递函数；建立双轴的Stribeck摩擦模型，对Stribeck摩擦模型进行参数识别，以建立双驱进给系统中移动部件在不同位置时的摩擦模型；采用牛顿插值法对摩擦模型进行求解，以得到双轴摩擦模型函数；根据所述机械传递函数和所述双轴摩擦模型函数，在所述移动部件的移动过程中，对双轴进行摩擦补偿；采用双轴位移检测装置进行定位误差实时反馈，将反馈的误差数据输入到交叉耦合控制器中，以实现双电机的同步。本发明解决了目前数控设备进给系统的双电机同步控制困难的问题。