本发明提供一种隐私保护的传染病密切接触者追踪方法及系统，进行初始化阶段，包括管理端分配给每个参与者应的唯一识别码，以及生成私钥与公钥；感知阶段，包括参与者与相互发送接收数据，生成基于时间段的加密信息集合，并分别保存在个人信息的集合中；报告阶段，包括参与者确定感染时间并上传对应的集合给管理端；追踪阶段，包括管理端接收参与者发送的评估请求后，发送指定时间段下所有感染者加密信息的集合X给参与者，参与者根据集合X与自身的加密信息逐个进行计算，将所有运算结果的集合Y发送给管理端，管理端解密集合Y得出接触信息。本发明方案可以提高追踪传染病感染者密切接触者的效率，并且安全性高，计算复杂性低，具有很高实用性。