本发明公开了一种基于二维分布结构判定的单细胞转录组测序数据聚类推荐方法，包括：获取多个细胞的单细胞转录组测序数据得到的基因表达矩阵，在过滤和标准化处理后，构建二维特征矩阵并进行线性归一化；根据归一化后的二维特征矩阵计算细胞间的欧式距离，从而建立细胞最小生成树；通过自适应阈值对细胞最小生成树进行切割，并以切割后构成的簇的平衡性来确定数据的二维分布结构；对具有模糊簇间边界和连续二维分布结构的数据，推荐并应用层次聚类算法，而对具有明显簇间边界和分块二维分布结构的数据，推荐并应用谱聚类算法。本发明能为单细胞转录组测序数据在层次聚类和谱聚类中推荐更适合其二维分布结构的方法作为下游聚类分析方法，提高聚类准确性。