本申请涉及一种液滴单细胞转录组测序数据降噪方法、装置、计算机设备和存储介质，首先通过Cell Ranger对液滴进行估计，得到待过滤液滴集合，即Cell Ranger认为包含细胞的液滴的集合，然后根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的液滴，实现对细胞质量的控制，这可以降低通过Cell Ranger流程得到的液滴中包含的质量较差的细胞、‘假细胞’、单液滴多细胞等对后续数据分析的影响，之后根据液滴的mRNAs分子的污染分析结果对待规范液滴集合进行基因过滤，得到规范化的液滴集合，完成对液滴单细胞转录组测序数据的规范化处理，这可以去掉与研究问题无关的基因，液滴单细胞测序后续数据分析过程中干扰变量因素的影响。