本发明涉及微生物制剂技术领域，提出了一种提升乳酸菌稳定性的三层包埋方法，包括S1、将乳酸菌在发酵罐中进行高密度培养；S2、将菌泥从发酵液中离心分离出，菌泥含水率为5％～50％；S3、将菌泥和第一层包埋保护剂按照质量比1:(1～3)混合均匀，第一层包埋剂为含有5％～50％脱脂乳粉的第一层包埋保护剂；S4、将菌泥和第二层包埋保护剂按照质量比为1：(1～3)与S3混合物混合均匀；S5、将菌泥和第三层包埋保护剂按照质量比为1：(1～3)与S4所得混合物混合后乳化均匀，得S5乳化液；S6、利用液氮滴冻技术将S5乳化液进行深冷造粒，使菌体瞬间进入休眠状态，得到S6深冷粒；S7、将S6深冷粒干燥至含水量为3％～8％。通过上述技术方案，解决了现有技术中稳定性差的问题。