本申请涉及一种样本制备控制方法、控制装置、电子设备和样本制备系统。该方法包括：输出处理指令，处理指令用于控制样品处理机构将样品进行预处理，得到样品混悬液；输出富集指令，富集指令用于控制富集器到达样品混悬液的液面，在富集器到达样品混悬液的液面之后，抽吸机构对富集腔体进行减压，富集器沿着样品混悬液的液面，并随着液面的降低向下移动，保持沿着样品混悬液的液面的状态吸取样品混悬液，在富集腔体中得到抽吸液，在过滤网上得到富集样品；输出转移指令，转移指令用于控制富集器将富集样品转移至载体上，获得样本。采用本方法能够有效防止干扰物质污染样本，提高样品的富集速率，从而提高样本制备效率和样本检测准确性。