本发明提供了含苯并双噻二唑的近红外二区荧光分子及其制备方法和荧光纳米颗粒及其制备方法和应用，涉及荧光材料技术领域。本发明提供的近红外二区荧光分子具有扭曲分子内电荷转移和聚集诱导发光特性，可提高量子产率，有效避免荧光淬灭的问题，荧光稳定性好。本发明还提供了一种荧光纳米颗粒，包括天然蛋白质纳米笼和封装在所述天然蛋白质纳米笼空腔中的近红外荧光分子，本发明以天然蛋白质纳米笼作为模板，包封所述近红外荧光分子，得到的荧光纳米颗粒荧光明亮、荧光稳定性好，且具有生物相容性高的优点，并且荧光纳米颗粒尺寸均匀，能够广泛用于血管成像剂或荧光示踪剂剂的制备。