本发明提供一种小型多用途氢动力船舶的机舱布置方法，机舱内设置有氢燃料电池、辅助系统和集水槽，辅助系统靠近船首布置，氢燃料电池靠近船尾的氢气瓶布置；辅助系统为换热装置，辅助系统的冷媒入口和冷媒出口分别与海水连通，热媒入口和热媒出口分别与氢燃料电池的冷却液出口和冷却液入口连通；氢燃料电池设置有氢气入口、空气入口、排气口和出水口；氢燃料电池的氢气入口通过氢气管与氢气瓶连通，所述氢燃料电池的出水口与集水槽连通，集水槽通过第一排水泵与生成水排舷外管连通。本发明不仅保证了机舱内各设备和系统功能的顺利实现，还能充分利用空间，安全可靠，灵活方便，易于施工和维修，实现了小型氢动力船舶机舱模块化布置零的突破。