本发明属于多工序加工误差溯源领域，具体涉及一种多工序加工中的误差溯源方法及其应用，包括：根据零件实际的加工工艺规划，建立零件基于状态空间方程的多工序误差流传递模型。另外，根据实际工件特征误差的测量数据，建立对抗神经网络并完成对抗神经网络的训练。将对抗神经网络生成器的输出虚拟数据反向输入生成器，获得各个误差源的分布，由前述建立的误差流模型确定各个误差源的物理意义，从而实现多工序加工误差源的分析。本发明可适用的场景为复杂零件的多工序加工中，通过对抗神经网络简单且有效地实现误差源解耦，极大提高误差溯源的精度和效率。