一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法
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摘要
本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导核酸适配体序列的截短优化。本发明已用于特异结合毒素TTX的核酸适配体TTX‑27的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为90.73nM。通过优化得到TTX‑27的一个截短型核酸适配体(TTX‑D2)，适配体序列截去13个碱基，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了2倍；说明本优化方法是合理且有效的。
基本信息
专利标题 ：
一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法
专利标题（英）：
暂无
公开（公告）号 ：
CN113129996A
申请号 ：
CN202110304532.4
公开（公告）日 ：
2021-07-16
申请日 ：
2021-03-22
授权号 ：
CN113129996B
授权日 ：
2022-04-12
发明人 ：
黄强颜志超刘建平李园园宋梦华
申请人 ：
复旦大学
申请人地址 ：
上海市杨浦区邯郸路220号
代理机构 ：
上海正旦专利代理有限公司
代理人 ：
陆飞
优先权 ：
CN202110304532.4
主分类号 ：
G16B5/00
IPC分类号 ：
G16B5/00 G16B35/00 G16B50/00 G16C10/00 C12N15/115
IPC结构图谱
G
G部——物理
G16
特别适用于特定应用领域的信息通信技术
G16B
生物信息学，例如特别适用于计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关数据处理的信息与通信技术
G16B5/00
特别适用于生物系统的建模或仿真，例如遗传基因管理网络、蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络的ICT
法律状态
2022-04-12 ：
授权
2021-08-03 ：
实质审查的生效
IPC(主分类) : G16B 5/00
申请日 : 20210322
申请日 : 20210322
2021-07-16 ：
公开
注：本法律状态信息仅供参考，即时准确的法律状态信息须到国家知识产权局办理专利登记簿副本。
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