本发明属于空调技术领域，具体涉及一种双冷源新风除湿机的运行控制方法及控制系统，其中双冷源新风除湿机的运行控制方法包括：开启新风除湿机；获取新风除湿机开启后各目标参数；根据相应目标参数对新风除湿机内压缩机频率进行修正；以及在压缩机频率修正后修正新风除湿机内风机转速，实现了更快速准确的调整到适合系统运行的频率且保证系统稳定可靠运行，并且可以精准控制空气含湿量，保证室内空气舒适。