本发明公开一种可重构处理器及配置方法，所述可重构处理器包括重构配置单元和可重构阵列；重构配置单元，用于根据当前应用场景匹配的算法，提供用于重构可重构阵列内的计算结构的重构信息；可重构阵列包括至少两级计算阵列，可重构阵列用于根据重构配置单元提供的重构信息，将相邻两级的计算阵列连接出满足算法的计算需求的数据通路流水线结构；在同一级计算阵列内，接入数据通路流水线结构的不同的计算模块的流水线深度都相等，使得接入数据通路流水线结构的不同的计算模块都同步输出数据。从而让可重构处理器根据不同的算法配置出适应的流水线深度，并在此基础上实现可重构阵列的数据处理操作的整体流水化，提高了可重构处理器的数据吞吐率。