本发明提供一种动物的三维振动训练方法及频率参数的选取方法，包括以下步骤：步骤1：制备试验用动物，构建试验测试系统；步骤2：在三维振动台上对动物进行扫频振动，将没有生命体征的该动物再进行扫频振动；对动物进行两次扫频振动的同时，通过两枚三向加速度传感器分别测量动物和工作台竖直、水平左右和水平前后三个方向的加速度信号；步骤3：将所述步骤2中的加速度信号传输至电脑并进行处理，确定动物身体固有频率的范围。利用本发明提出的方法，可以准确地得到试验用动物沿竖直、水平前后和水平左右三个方向的固有频率，并设计了7类三维振动训练模式，这为动物甚至人的全身振动训练试验的设计提供了依据。