本发明提出一种基于物联网的溯源专用农残检测系统及检测方法，所述系统包括溯源监控端、服务器以及检测装置，所述服务器通过网络与溯源监控端连接，所述检测装置通过网络与服务器通讯；所述检测装置包括主箱体以及设置在主箱体上的检测模块、打印模块以及设置在主箱体内的电源和控制器，所述检测方法通过检测模块对农产品样本进行农残检测，打印模块将农残检测结果通过热敏打印和RFID写入两种方式进行标签打印，为农残检测信息提供了双重保证，其中RFID写入电子标签的方式增加溯源链条的安全性；本发明解决了现有技术中农产品溯源链条中涉及环节多、信息采集不规范而造成溯源信息杂乱且缺乏安全性的问题。