本发明公开了一种车用燃料电池热管理系统，包括燃料电池堆,所述燃料电池堆的出水口管道上安装有第一温度传感器以及第二压力传感器，所述燃料电池堆的出水口管道端口上安装有电控三通阀，所述电控三通阀其中一个接口安装有第一水管，所述第一水管一端安装有水过滤器，所述水过滤器一端通过排水管安装有水泵，所述水泵上安装有与燃料电池堆相连接进水管。本发明的有益效果是，本发明所述一种车用燃料电池热管理系统及其控制方法，能够满足燃料电池堆高温散热及低温加热启动需求，通过控制策略，调节水泵、电控三通阀，有效且合理的分配流量，通过散热器及加热器调节，使系统温度始终处于合理温度范围内。