本发明提供一种燃料电池热管理系统及其控制方法、车辆，包括：燃料电池堆，能够加热换热介质；采暖系统，用于为乘员舱供暖；催化燃烧装置，用于加热换热介质，并通过管路与采暖系统连通；换热器，包括第一换热通路和第二换热通路，第一换热通路与燃料电池堆连通，第二换热通路与催化燃烧装置和采暖系统连通。当电堆低温启动时，通过催化燃烧装置加热换热介质，经由换热器向电堆供给高温介质，辅助加热电堆。同时催化燃烧装置还可向采暖系统供给高温介质，为乘员舱供暖，提高乘员舱舒适性。从而无需使用PTC，利用催化燃烧装置即可同时加热电堆和为乘员舱供暖，大大降低系统能耗，节约成本，有利于提高车辆低温续航里程。