本发明公开了一种燃料电池汽车燃料电池空气系统及其控制方法、车辆，步骤包括：燃料电池系统启动；计算空气进堆流量初始值、空气进堆压力初始值和海拔温度补偿系数；根据空气进堆流量初始值、进堆压力初始值和海拔温度补偿系数计算最终目标空气进堆流量和最终目标空气进堆压力；计算得到第一空压机转速请求修正值和第一节气门开度请求修正值；计算得到第二空压机转速请求修正值和第二节气门开度请求修正值；最后计算空压机转速控制量和节气门开度控制量。通过本发明的控制方法，使燃料电池系统能够适应各种环境以及各种工况的变化，实时性好，准确度更高，电堆运行更稳定。